Растить бактерий в чашечке Петри достаточно просто — расположите взятый откуда угодно мазок на агаровую подложку, оставьте на некоторое количество дней в тепле — и вот они, микробные колонии. Неувязка в том, что таковым образом мы получим колонии лишь тех микробов, для которых предоставленные условия безупречны. И посреди всего контраста микробов и архей таковые в меньшинстве.
Чтоб изучить то, что не растёт в обычных критериях, нужен новейший подход. Он найден и приносит плоды — в журнальчике Nature размещена статья, в которой сообщается о успехе интернациональной команды исследователей — обнаружении 12 556 новейших видов микробов и архей, которые никогда не выращивались и быстрее всего не могут быть выращены в лаборатории.
«Мы смогли реконструировать тыщи метагеномно определённых геномов (metagenome-assembled genomes, MAGs) конкретно из секвенированных образцов окружающей среды без необходимости культивировать бактерии в лаборатории, — гласит 1-ый создатель исследования Стивен Найфач (Stephen Nayfach). — То, что делает это исследование вправду выделяющимся на фоне прежних попыток — это замечательное экологическое обилие проанализированных образцов».
Команда имела доступ к большой базе данных из наиболее чем 10 тыщ метагеномов — образцов совокупного генетического материала окружающей среды. Дальше работа была похожа на сборку огромного пазла, прошедшего через искоренитель бумаг — из секвенированных фрагментов собирались как может быть полные геномы организмов.
При помощи узнаваемых алгоритмов исследователи смогли выделить 52 515 геномов. Любой таковой прочитанный геном — не наименее половины от полного генома организма.
Метагеномный анализ микробных сообществ делается не в первый раз, но в сей раз предпринята попытка проанализировать эталоны из наибольшего количества мест, чтоб заполнить некие пробелы в наших познаниях о бактериях.
Результаты, по словам создателей, дозволили расширить известное филогенетическое обилие микробов и архей на 44 процента.
Очевидно, у способа есть ограничения. Прочесть геном выращенных в лаборатории микробов и архей легче и точность чтения приметно выше. Метагеномный анализ не исключает ошибок. Но уже на данный момент он дозволяет выяснить много новейшего о биологии и многообразии бактерий в окружающем нас мире.